Seit der im November 2014 veröffentlichten Versionen von Magento Community Edition CE 1.9.1.0 bzw. Enterprise Edition EE 1.14.1.0 unterstützt Magento MySQL 5.6.
Für den Webuguys Magento-Adventkalender habe ich einen Blogpost über die relevanten MySQL 5.6 Funktionen für Magento-Entwickler geschrieben:
http://www.webguys.de/magento/tuerchen-15-mysql-5-6-fuer-magento-entwickler/